Nie je možné konvertovať oblasť FAT16 na NTFS pomocou vstavaných nástrojov systému Windows 98. Na vykonanie tejto konverzie však možno použiť softvér tretích strán, napríklad Partition Magic. Môžete tiež skúsiť použiť nástroj Správa diskov, ktorý je súčasťou systému Windows 98, na konverziu oblasti z FAT16 na NTFS, ale nemusí to fungovať v starších verziách systému Windows 98.