Súborový systém používaný pamäťovými kartami SDXC je exFAT (Extended File Allocation Table). Tento súborový systém bol vyvinutý spoločnosťou Microsoft a je navrhnutý na použitie s pamäťovými kartami typu flash, ako sú karty SDXC. exFAT podporuje súbory väčšie ako 4 GB a je možné ho naformátovať v operačných systémoch Windows aj Mac.