Program, ktorý spravuje súbory a adresáre na disku, je systém súborov
Operačný systém . Toto nie je jediný program, ale skôr zbierka systémových hovorov a komponentov jadra, ktoré spracúvajú operácie súborov. Špecifická implementácia sa líši v závislosti od operačného systému (napr. NTF na systéme Windows, EXT4 v systéme Linux, APFS na MACOS).