Nie, FAT32 * nepodporuje viac formátov súborov ako NTFS. Oba súborové systémy podporujú širokú škálu formátov súborov; Samotný formát súboru je nezávislý od systému súborov. Systém súborov jednoducho ukladá súbory a metadáta. Či je súbor JPEG, DOCX, MP3 atď., Je určený jeho obsahom a ako ho aplikácie interpretujú, nie súborovým systémom, na ktorom sídli.