MicroATX nezvyšuje celkové náklady na systém na základe počtu rozširujúcich slotov na základnej doske. Základné dosky MicroATX majú vo všeobecnosti menej rozširujúcich slotov v porovnaní so základnými doskami ATX, čo môže viesť k nižším nákladom na samotnú základnú dosku. Rozdiel v nákladoch je však zvyčajne zanedbateľný a výrazne neovplyvňuje celkové náklady na systém. Celkové náklady na systém závisia od rôznych faktorov, ako sú zvolené komponenty (napr. CPU, GPU, pamäť, úložisko), veľkosť puzdra, napájanie a ďalšie funkcie alebo príslušenstvo.