Najväčší čip na základnej doske je centrálna procesorová jednotka (CPU), známa aj ako mikroprocesor alebo procesor. Procesor je zodpovedný za ovládanie všetkých ostatných komponentov na základnej doske a vykonávanie pokynov softvéru. Je to mozog počítača a vykonáva všetky výpočty a spracovanie potrebné na spustenie programov. Procesor je zvyčajne umiestnený v strede základnej dosky a je pripojený k ostatným komponentom pomocou kolíkov alebo zásuvky.