Superpočítače môžu byť nakonfigurované na prístup k viacerým používateľom, ale nie je vlastné ich definícii. Mnoho superpočítačov používajú viacerí vedci alebo tímy, často prostredníctvom sofistikovaného systému plánovania pracovných miest, ktorý umožňuje mnohým používateľom predkladať úlohy, ktoré sa potom vykonávajú paralelne. Samotný systém však nemusí byť priamo interaktívny ako typický server viacerých používateľov, do ktorého by ste sa prihlásili pomocou prostredia pre pracovnú plochu. Namiesto toho používatelia zvyčajne interagujú nepriamo prostredníctvom odosielania úloh a následných kontrole výsledkov.