Ako extrahovať záznamy z viac - Fasta Perl súbory

formát fast súboru sa používa na ukladanie dát sekvencie z nukleových kyselín alebo peptidov . Viac sekvencií môžu byť uložené v jednom súbore , ktorý sa nazýva súbor multi - fast . Sekvencie dáta formátované ako krátku riadku záhlavia označujúci poradí a dáta sekvencie v nadväznosti na nový riadok . Podľa umiestnenia hlavičky sekvencie v súbore multi - fast s Perl príkazov , je možné získať jednotlivé sekvencie zo súboru multi - fast . Pokyny dovolená 1

Otvorte textový editor s prázdnym textového súboru začne nový program v Perle .
2

Začnite program zadaním umiestnenie Perl na vašom systéme . To je normálne " /usr /bin /perl " alebo " /usr /local /bin /perl " .

# ! /Usr /bin /perl
3

import " prísny " a " File :: basename " knižnice . " File :: Základ mená " Knižnica podporuje parsovanie ciest súborov a prípon . " Prísny " knižnica obmedzuje nebezpečné konštrukcie , hádzať chybu pri kompilácii , skôr než pri behu .

Použitie Strictus súboru :: Základ mená
4

Prečítajte si premennú argumentov z príkazového riadku . Váš program , mali by ste zvoliť názov " fasta_extract.pl , " bude očakávať , že bude vzhľadom na umiestnenie súboru fast a parametrov vybrať sekvencií extrahovať . Prvý parameter bude názov fast súboru a druhá bude reťazec pre vzorov . Argument premenné sú prístupné z poľa " $ argv "

my $ fasta_file = $ argv [ 0 ] ; . My $ pattern = $ argv [ 1 ] ;
5

Otvoriť súbor fast pomocou " open ) ( " funkcia . . " . Nemožno otvoriť Fast súboru \\ n"

• Predchádzajúca strana: Čo SQL Perl skripty 
• Ďalšia strana: Ako otestovať Sendmail CGI skript