PDB je skratka pre Protein Data Bank. Je to úložisko pre trojrozmerné štrukturálne údaje veľkých molekúl biologického významu, ako sú proteíny, DNA a RNA. PDB je archív, ktorý spravuje Worldwide Protein Data Bank (wwPDB), konzorcium Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB), Európskeho inštitútu pre bioinformatiku (EMBL-EBI) a Protein Data Bank Japan (PDBj). PDB obsahuje experimentálne určené štruktúry biomolekúl vrátane atómových súradníc, experimentálnych podmienok a iných relevantných údajov. Údaje v PNR sú voľne dostupné verejnosti a vedci ich používajú na výskum, vzdelávanie a dizajn liekov.