Hlavnou nevýhodou použitia FTP z príkazového riadku je nedostatok bezpečnosti . FTP prenáša údaje v obyčajnom texte, čo znamená, že používateľské mená, heslá a samotné údaje ľahko zachytávajú ktokoľvek, kto monitoruje sieťový prenos. Vďaka tomu je veľmi zraniteľné voči odpočúvaniu a útokom človeka v strede. Zatiaľ čo SFTP (Protokol prenosu súborov SSH) ponúka bezpečnú alternatívu, je to úplne iný protokol, nie vlastnosť štandardného príkazového riadku FTP.