Nie, vymazanie cookies nevyhnutne nezastaví vyskakovacie okná. Vyskakovacie okná sú zvyčajne generované kódom JavaScript na webovej stránke a nesúvisia so súbormi cookie. Na blokovanie automaticky otváraných okien môžete použiť blokovanie automaticky otváraných okien vo webovom prehliadači alebo rozšírenie na blokovanie automaticky otváraných okien od tretej strany.