Fragmentácia stránkovacieho súboru nastáva, keď je stránkovací súbor rozdelený do viacerých nesúvislých blokov. Môže k tomu dôjsť pri vytváraní alebo rozšírení stránkovacieho súboru alebo pri vymazaní súborov z diskovej jednotky. Keď je stránkovací súbor fragmentovaný, počítaču môže prístup k stránkovaciemu súboru trvať dlhšie, čo môže spomaliť počítač.