Veľkosti súborov FLAC sa líšia v závislosti od zvukového obsahu, ale zvyčajne sú väčšie ako súbory MP3. Priemerná veľkosť súboru FLAC sa môže pohybovať od 20 do 50 megabajtov (MB) za minútu zvuku, zatiaľ čo súbor MP3 rovnakej dĺžky môže mať približne 3 až 5 MB. Okrem toho môže byť veľkosť súboru FLAC ovplyvnená vzorkovacou frekvenciou, bitovou hĺbkou a počtom kanálov.