SAM je skratka pre Sequence Alignment Map (mapa zarovnania sekvencií) a je to štandardný formát na ukladanie údajov zarovnania sekvencií. Súbory SAM sa zvyčajne nachádzajú v rovnakom priečinku alebo adresári ako ostatné vstupné údaje, ako sú súbory FASTA alebo súbory FASTQ. Možno ich nájsť aj vo výstupnom priečinku alebo adresári programu sekvenčnej analýzy.