Nie všetky antivírusové programy kontrolujú všetky súbory na prítomnosť vírusov počas procesu zavádzania. Závisí to od konkrétneho antivírusového programu a jeho konfigurácie. Niektoré programy môžu vykonávať selektívne skenovanie počas zavádzania, zatiaľ čo iné môžu ponúkať možnosť vykonať úplné skenovanie systému, ktoré môže zahŕňať skenovanie všetkých súborov.