Ako môžem vytvoriť súbor pdb v mojom počítači?

Tu sú všeobecné kroky na vytvorenie súboru PDB v počítači:

Krok 1:Získajte súbor PDB alebo súradnice PDB

- Súbory PDB sú široko dostupné z rôznych zdrojov, ako je webová stránka Protein Data Bank (PDB) alebo výskumné databázy ako RCSB Protein Data Bank alebo OCA-Yale.

- Ak máte súradnice svojej proteínovej štruktúry, môžete ich previesť do formátu súboru PDB. Túto konverziu môže vykonať niekoľko softvérových balíkov a online nástrojov.

Krok 2:Nainštalujte softvér na molekulárnu vizualizáciu

- Na otvorenie, zobrazenie a úpravu súborov PDB budete potrebovať softvér na molekulárnu vizualizáciu, ako je PyMOL, UCSF Chimera, VMD (Visual Molecular Dynamics) alebo Swiss PDB Viewer. Tieto programy sú voľne dostupné a je možné ich stiahnuť z príslušných webových stránok.

Krok 3:Otvorte súbor PDB

- Po nainštalovaní softvéru na molekulárnu vizualizáciu otvorte súbor PDB, ktorý ste získali alebo vytvorili. Napríklad v PyMOL prejdite na „Súbor“> „Otvoriť“ a vyberte súbor PDB.

Krok 4:Vizualizujte a analyzujte proteínovú štruktúru

- Softvér na molekulárnu vizualizáciu zobrazí 3D štruktúru proteínu. Štruktúru môžete otáčať, približovať a manipulovať s ňou, aby ste ju videli z rôznych uhlov.

- Tieto nástroje tiež poskytujú možnosti analýzy štruktúry, ako je meranie vzdialeností, uhlov a iných molekulárnych vlastností.

Krok 5:Uložte súbor PDB (voliteľné)

- Ak ste vykonali nejaké zmeny v štruktúre proteínu alebo pridali ďalšie informácie, upravenú štruktúru môžete uložiť ako nový súbor PDB. V PyMOL prejdite na „Súbor“> „Uložiť PDB“ a vyberte názov a umiestnenie nového súboru PDB.

Krok 6:Ďalšie úpravy (voliteľné)

- V závislosti od vašich špecifických požiadaviek môžete vykonať dodatočné úpravy súboru PDB. To môže zahŕňať pridanie ligandov alebo molekúl rozpúšťadla, úpravu názvov atómov alebo zmenu formátovania.

- Ak potrebujete vykonať rozsiahle úpravy alebo zložité štrukturálne manipulácie, možno budete chcieť použiť špecializovaný softvér na molekulárne modelovanie, ako je Modeller alebo CHARMM.

Krok 7:Overte súbor PDB

- Po vytvorení alebo úprave súboru PDB je dobré ho overiť, aby sa zaistila jeho presnosť. Niekoľko online nástrojov a softvérových programov môže vykonávať validáciu PDB a identifikovať potenciálne chyby alebo nezrovnalosti.

Pamätajte, že vytváranie a úprava súborov PDB si vyžaduje základné pochopenie molekulárnej štruktúry a formátov súborov. Ak nie ste oboznámení s týmito pojmami, odporúča sa poradiť sa s odborníkmi alebo použiť užívateľsky prívetivé rozhrania poskytované softvérom molekulárnej vizualizácie.

• Predchádzajúca strana: Aký je rozdiel medzi operačnou a transakčnou databázou? 
• Ďalšia strana: Aká je iná verzia orákula?