Naplnené frakcionačné kolóny môžu byť naplnené rôznymi materiálmi, vrátane sklenených guľôčok, aby sa zvýšila ich účinnosť. Sklenené guľôčky sa často používajú, pretože sú chemicky inertné, majú veľký povrch a sú relatívne lacné. Veľký povrch sklenených guľôčok poskytuje väčšiu povrchovú plochu pre kontakt kvapalnej a parnej fázy, čo zvyšuje účinnosť separácie. Navyše, inertnosť sklenených guľôčok im bráni v reakcii so zložkami zmesi, ktorá sa oddeľuje, čo môže pomôcť zachovať čistotu produktov.
Je však dôležité poznamenať, že účinnosť plnenej frakcionačnej kolóny nie je určená výlučne výplňovým materiálom. Úlohu zohrávajú aj ďalšie faktory, ako je výška kolóny, priemer a hustota náplne. Okrem toho by mal byť výber baliaceho materiálu založený na špecifickej aplikácii a vlastnostiach separovanej zmesi.