F-16 nepoužíva ovládací systém všeobecného jazyka, ako je Windows alebo Linux. Namiesto toho používa operačný systém
v reálnom čase (RTO) . Konkrétne RTO sa líši v závislosti od variantu F-16 a jeho misijných systémov, ale sú vlastnícke a nie verejne pomenované. Tieto RTosy sú vysoko špecializované a optimalizované pre náročné požiadavky na riadenie letov a zbrane.