PDA zvyčajne nemali úplný operačný systém s * úplne * na čipe ROM. Zatiaľ čo ROM obsahoval rozhodujúci bootovací kód a prípadne nejaký firmvér, hlavný operačný systém (napríklad Palm OS alebo Windows CE) bol zvyčajne uložený do pamäte Flash. ROM poskytol počiatočné pokyny na načítanie OS z pamäte Flash.