Systém súborov obsahujúci väčšinu súborov operačného systému je zvyčajne systém
root File System (často označované ako `/` v systémoch podobných systému Linux/UNIX a `C:\` v systéme Windows). To je miesto, kde býva hlavné jadro, systémové knižnice a základné systémové binárne súbory. Zatiaľ čo iné súborové systémy môžu ukladať * niektoré * súbory súvisiace s operačným systémom (napr. SWAP oddiely), drvivá väčšina sa nachádza v systéme koreňových súborov.