V Puppy Linuxe je predvoleným shellom príkazového riadka shell BusyBox, tiež známy ako ash. Jedná sa o ľahký a všestranný shell, ktorý poskytuje štandardné funkcie príkazového riadku Linuxu. Ďalšie bežne používané shelly v Puppy Linuxe zahŕňajú Bash shell (Bourne-Again SHell) a Zsh (Z Shell). Používatelia môžu jednoducho prepínať medzi rôznymi shellmi zmenou premennej prostredia SHELL alebo vyvolaním požadovaného shellu priamo z terminálu.