Zatiaľ čo sa dá použiť niekoľko protokolov *, najbežnejším protokolom na prenos súborov medzi systémami UNIX a Linux je
Secure Copy Protocol (SCP) , Protokol založený na zabezpečenom škrupine (SSH). Medzi ďalšie možnosti patrí SFTP (Protokol prenosu súborov SSH), ktorý je tiež založený na SSH a ponúka viac funkcií, a menej bezpečné možnosti, ako sú FTP (Protocol prenosu súborov) a RCP (vzdialená kópia). SCP a SFTP sú však uprednostňované pre svoju bezpečnosť.