Neexistuje žiadny režim prevádzky, ktorý by sa dal použiť na priame spustenie aplikácií systému Windows 98, ktoré sú nainštalované v systéme Windows Vista. Aplikácie, ktoré sú navrhnuté pre Windows 98, nie sú kompatibilné so systémom Windows Vista a nedajú sa na ňom spustiť. Dôvodom sú významné zmeny a vylepšenia, ktoré boli zavedené v operačnom systéme Windows od Windows 98 po Windows Vista.