Nie, samotný Brainpop nedáva počítačový vírus. Renomované webové stránky, ako je Brainpop, berú bezpečnosť vážne. Avšak, rovnako ako každá webová stránka, ak kliknete na podozrivé odkazy alebo sťahujete súbory z nedôveryhodných zdrojov *, zatiaľ čo * na BrainPop (alebo na akomkoľvek webe), môžete potenciálne vystaviť počítač škodlivému softvéru. Brainpop nie je v takom prípade zdrojom vírusu, ale skôr činmi používateľa.