Jednou z výhod fyzického modelu guľôčkového a špičky pred grafickým je vylepšené priestorové porozumenie a manipulácia . Môžete fyzicky otáčať a manipulovať s modelom, aby ste vizualizovali molekulu z rôznych perspektív a lepšie porozumeli jeho trojrozmernej štruktúre a jej vzťahu medzi atómami. Je to ťažšie dosiahnuť so statickými 2D reprezentáciami alebo dokonca s interaktívnymi 3D modelmi na obrazovke, najmä pre komplexné molekuly.