Skype sám o sebe neprináša vírusy do vášho počítača. Je však možné, aby používatelia so zlými úmyslami šírili vírusy alebo iný malvér prostredníctvom správ Skype alebo prenosu súborov. Aby ste sa ochránili, buďte opatrní pri klikaní na odkazy alebo otváraní súborov od ľudí, ktorých nepoznáte, a dbajte na to, aby bol váš antivírusový softvér aktuálny.