Áno, môžete spustiť programy MS-DOS v systéme Windows 98. Windows 98 je postavený na jadre DOS, takže vo svojej podstate podporuje spustenie programov DOS. Na spustenie väčšiny spustiteľných súborov DOS nepotrebujete žiadne špeciálne nastavenie (.exe, .com, .bat). Spustia priamo z Prieskumníka súborov alebo príkazového riadku (výzva MS-DOS).