YouTube nepoužíva jeden formát súboru. Používajú rôzne formáty v závislosti od rozlíšenia videa, bitrate a kodeku a často slúžia rôznym formátom na optimalizáciu prehrávania. Základné video a zvukové kodeky sú však zvyčajne variácie MP4 (čo je formát kontajnera, nie samotný kodek), často používajúc H.264 alebo H.265 (pre video) a AAC (pre zvuk). VP9 je tiež čoraz bežnejší.