Neexistuje jediný vynálezca spywaru. Skôr sa verí, že spyware vznikol koncom 90. rokov, keď počítačoví nadšenci začali vytvárať softvér na špehovanie svojich priateľov a rodinných príslušníkov. Tieto rané spywarové programy boli zvyčajne jednoduché zapisovače stlačených kláves alebo nástroje na snímanie obrazovky, ale rýchlo sa stali sofistikovanejšími. Začiatkom roku 2000 sa spyware stal komerčným produktom a čoskoro ho začali používať podniky na sledovanie aktivít zamestnancov a zločinci na odcudzenie osobných údajov.