Počet existujúcich vírusov trójskych koní je ťažké určiť, pretože sa neustále vytvárajú nové varianty. Niektoré zdroje však odhadujú, že v obehu môžu byť milióny rôznych vírusov trójskych koní. Tieto vírusy môžu mať mnoho rôznych podôb a môže byť mimoriadne ťažké ich odhaliť. Z tohto dôvodu je dôležité používať robustný antivírusový softvér na ochranu počítača pred infekciou.