Softvér pre mikrobiológiu

Okrem mikroskopov a Petriho misiek sú počítače dôležitým nástrojom pre mikrobiológov. Softvér pre mikrobiologický výskum zahŕňa nástroje používané inými vedeckými a inžinierskymi odbormi, ako aj špecializované aplikácie na štúdium baktérií a iných mikroorganizmov. Mnoho aplikácií vyvinutých vládnymi agentúrami, neziskovými nadáciami alebo akademickými vedcami je k dispozícii ako bezplatný softvér na stiahnutie a použitie podľa vášho experimentu alebo laboratória.

Nástroje vizualizácie

Fyzický alebo mentálny obraz nespracované údaje, ktoré zhromažďujete, vám môžu pomôcť lepšie pochopiť jeho kvalitu, význam a dôsledky. Softvér na vizualizáciu otvorených zdrojov a komerčných údajov je široko dostupný pre mikrobiologický výskum. Vytvárajte grafy a grafy svojich údajov pomocou softvéru LibreOffice Calc, programu Microsoft Excel alebo systému vizualizácie údajov Mondrian. Aplikácie Cell-O a RasMol vám pomôžu vytvoriť 2D a 3D animované modely biologicky významných molekúl, ako sú proteíny a aminokyseliny.

Matematické modelovanie

Veľké súbory mikrobiologických údajov často po získaní zmysluplnejších informácií často prinášajú zmysluplnejšie informácie. boli numericky analyzované. Softvérové ​​balíky MATLAB, Octave a SciPy, ktoré vykonávajú matematické zdokonaľovanie, analýzu a modelovanie údajov vedcov. Tieto balíčky použite na odhad parametrov pomocou prispôsobenia krivky, epidemiologických predpovedí, simulácií bakteriálneho rastu a eliminácie šumu alebo stochastického účinku. Tieto aplikácie tiež vykonávajú štatistické výpočty, ako je napríklad analýza rozptylu alebo testy Chi-square.

Genómové bioinformatiky

Softvérové ​​aplikácie pre mikrobiológiu vám tiež pomáhajú vizualizovať a ťažiť informácie zo sekvencie nukleových kyselín, ktoré tvoria mikro- DNA organizmu. Open Bioinformatics Foundation poskytuje bezplatné aplikácie s otvoreným zdrojovým kódovaním a analýzou DNA, ako sú BioJava a Biopython, ktoré extrahujú údaje z genómových informačných bánk, analyzujú DNA kód organizmu a porovnávajú ho s inými vzorkami DNA. Ďalšie balíčky na analýzu genómu zahŕňajú Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package alebo PHYLIP a Sequence Manipulation Suite alebo SMS.

Referenčný softvér

Rýchle tempo vedeckého objavovania v mikrobiológii a meniaca sa vláda Podľa nariadení je nevyhnutné, aby mikrobiológovia mali rýchly prístup k informáciám, ktoré majú vplyv na ich prácu. HUGO je komerčný softvérový balík, ktorý poskytuje mikrobiológom aktuálne informácie o nástrojoch, chemikáliách, vybavení, kultivačných médiách, bezpečnostných požiadavkách, nových organizmoch, taxonomických zmenách a antibiotikách. Mikrobiológovia pracujúci v odbore potravín môžu okrem toho používať webovú aplikáciu ComBase Browser na prístup k mikrobiologickým údajom o potravinách, ktoré poskytli vládne agentúry vo Veľkej Británii, Austrálii a Spojených štátoch.

• Predchádzajúca strana: Idea funkcie Vs. ACL
• Ďalšia strana: Primavera Project Trial