Quarkxpress nemá jediný, všeobecne pomenovaný formát natívneho súboru, ako sú niektoré programy (napr. Docx pre Word). Namiesto toho je jeho natívny formát súboru zvyčajne identifikovaný
.qxd Prípona súboru. Skutočná štruktúra súborov je však patentovaná a zložitá a medzi verziami sa mierne mení. Preto je „.qxd“ najlepšou odpoveďou, ale nezabudnite, že kompatibilita nie je vždy zaručená v rôznych verziách spoločnosti QuarkXpress.