Ako otvoríte súbor .pdb?

Existuje niekoľko spôsobov, ako otvoriť súbor PDB.

Použite textový editor.

Súbory PDB sú súbory vo formáte obyčajného textu, takže ich môžete otvoriť pomocou ľubovoľného textového editora, ako je napríklad Poznámkový blok alebo WordPad. V textovom editore však nebudete môcť zobraziť 3D štruktúru molekuly.

Použite prehliadač PDB.

K dispozícii je veľa rôznych prehliadačov PDB, bezplatných aj komerčných. Niektoré populárne možnosti zahŕňajú:

- PyMOL: Bezplatný prehliadač PDB s otvoreným zdrojom so širokou škálou funkcií.

- VMD: Bezplatný prehliadač PDB s otvoreným zdrojom, ktorý je obzvlášť vhodný na vizualizáciu veľkých molekúl.

- Chiméra: Komerčný prehliadač PDB, ktorý je známy svojim užívateľsky príjemným rozhraním a rozsiahlou sadou funkcií.

Ak chcete otvoriť súbor PDB v prehliadači PDB, jednoducho vyberte položku ponuky Súbor> Otvoriť a prejdite na súbor PDB, ktorý chcete otvoriť. Prehliadač PDB potom načíta súbor a zobrazí 3D štruktúru molekuly.

Použite webový prehliadač.

Existuje aj množstvo webových prehliadačov, ktoré dokážu zobraziť súbory PDB. Niektoré populárne možnosti zahŕňajú:

- Proteínová databanka RCSB: Oficiálna webová stránka Protein Data Bank, ktorá obsahuje veľkú zbierku súborov PDB.

- Zobrazovač Mol*: Bezplatný webový prehliadač PDB s otvoreným zdrojom, ktorý vám umožňuje zobraziť 3D štruktúru molekúl vo vašom webovom prehliadači.

- JSmol: Bezplatný a open source prehliadač PDB založený na jazyku Java, ktorý vám umožňuje zobraziť 3D štruktúru molekúl vo vašom webovom prehliadači.

Ak chcete otvoriť súbor PDB vo webovom prehliadači, jednoducho skopírujte a prilepte ID PDB do vyhľadávacieho panela webového prehliadača. Webový prehliadač potom načíta súbor PDB a zobrazí 3D štruktúru molekuly.

• Predchádzajúca strana: Aký proces sa používa na otvorenie súboru Zip? 
• Ďalšia strana: Ako otvoríte súbor vo formáte YIFY?