Fast Formát Opis

súborov Fast formáte obsahuje jeden alebo viac sekvencií nukleotidov v DNA . Formát fast vznikol s balíčkom fast softvér pre sekvenovanie DNA , aj keď to sa stalo štandardný formát pre reprezentáciu DNA sekvencií v bioinformatiky . Fast je jednoduchý formát , ktorý umožňuje sekvencie ľahko analyzovať pomocou skriptovacích jazykov ako je Perl a Python . Prehľad

Základom súboru je riadok začínajúcich " > " znak a nasleduje texte identifikácia pôvodu poradí . Záhlavie je zvyčajne menej ako 80 znakov . Linka na základe tohto záhlavia riadku obsahuje rad postáv predstavujúcich nukleotidov v DNA alebo aminokyselín zvyškov v peptidovej sekvencii .
Povolené DNA znaky

iba významné znaky sú povolené ako súčasť postupnosti fast . Sekvencia sa môže skladať z A , C , T , G alebo U , zodpovedajúce nukleotidy adenozín , cytozín , guanín , tymidín alebo uracil , resp . Avšak , nemusí byť vždy presná identita nukleotidu darček od sekvenovania . Fast tiež obsahuje kódy , ktoré predstavujú možné nukleotidov , keď je prítomná neistota . Kód N sa používa , keď nemôže byť rozhodnuté , a X , keď je nukleotid maskuje inými molekulami . " - " Kód sa používa na reprezentáciu medzeru neurčitej dĺžky
povolená Peptidy Znaky

alfanumerický kód môže byť tiež použitý na reprezentáciu . na 24 aminokyselín prítomných v sekvencii peptidu . Ak je peptid , nemožno určiť , kód X sa používa , podobne ako DNA sekvencie . " * " So používa na označenie terminus alebo translačný stop sekvenciu peptidu . " - " . Je tiež používaný reprezentovať medzeru v sekvenčných dát pre peptidy
Ďalšie informácie

NCBI určí paušálne sekvencie ID , alebo SEQ ID , pre použitie v fast záhlavie riadkov , hoci nie je tam žiadny konečný štandard pre zaradenie do fast riadok hlavičky . Súbor fast obsahujúce viac sekvencií je známy ako súbor multi - fast . Fast súbory môžu mať príponu " . Fasta , " " . Fna , " " . FFN , " " . FAA , " " . FRN " alebo " . Fas . "

• Predchádzajúca strana: Čo je to Mixed Mode 
• Ďalšia strana: Ako vyplniť formulár OMR